Hệ thần kinh
Não bộ đang thời kỳ hoàn chỉnh, hoạt động của thần kinh chưa ổn định, hưng phấn chiếm ưu thế, vì vậy khi học tập các em dễ tập trung tư tưởng nhưng nếu thời gian kéo dài, nội dung nghèo nàn, hình thức hoạt động đơn điệu thì thần kinh sẽ nhanh chóng mệt mỏi và dễ phân tán sức chú ý. Do vậy nội dung tập luyện phải phong phú, phương pháp giảng dạy, tổ chức giờ học phải linh hoạt, không cứng nhắc đơn điệu, giảng giải và làm mẫu có trọng tâm chính xác đúng lúc, đúng chỗ. Ngoài ra cần tăng cường hoạt động thể dục thể thao ngoài giờ và các hình thức vui chơi khác để làm phong phú khả năng hoạt động và phát triển các tố chất thể lực một cách toàn diện.
Hệ vận động
Hệ xương đang trong giai đoạn phát triển mạnh về chiều dài. Hệ thống sụn tại các khớp đang đòi hỏi điều kiện tốt để phát triển và hoàn thiện, do vậy giáo dục thể chất có tác dụng tốt đến sự phát triển của hệ cương nhưng phải chú ý đến tư thế, đến sự cân đối trong hoạt động để tránh phát triển sai lệch của hệ xương và kìm hãm sự phát triển chiều dài. Đặc biệt đối với các em gái do xương chậu chưa được phát triển hoàn thiện nên dễ bị lệch lạc nếu quá trình hoạt động vận động không hợp lý.
Hệ cơ của các em phát triển chậm hơn sự phát triển của hệ xương, chủ yếu là phát triển về chiều dài, thiết diện cơ chậm phát triển nhung đến tuổi 15 – 16 thì thiết diện cơ phát triển nhanh đặc biệt là các cơ co. Do sự phát triển không đồng bộ, thiếu cân đối nên các em không phát huy được sức mạnh và chóng mệt mỏi. Vì vậy trong giáo dục thể chất cần chú ý phát triển tăng cường cơ bắp và phát triển toàn diện.
Hệ tuần hoàn
Tim phát triển chậm hơn so với sự phát triển mạch máu, sức co bóp còn yếu, khả năng điều hoà hoạt động của tim chưa ổn định nên khi hoạt động quá nhiều, quá căng thẳng sẽ chóng mệt mỏi. Vì vậy, tập luyện thể dục thể thao thường xuyên sẽ ảnh hưởng tốt đến hoạt động của hệ tuần hoàn; hoạt động của tim dần dần được thích ứng và có khả năng chịu đựng với khối lượng lớn sau này. Nhưng trong quá trình tập luyện thể dục thể thao cần phải đảm bảo nguyên tắc vừa sức và nguyên tắc tăng dần yêu cầu trong giáo dục thể chất, tránh hoạt động quá sức và quá đột ngột.
Hệ hô hấp
Phổi của các em phát triển chưa hoàn thiện, phế nang còn nhỏ, các cơ hô hấp chưa phát triển, dung lượng phổi còn bé, vì vậy khi hoạt động các em phải thở nhiều, thở nhanh nên chóng mệt mỏi. Rèn luyện thể chất cho các em phải toàn diện, phải chú ý phát triển các cơ hô hấp, hướng dẫn các em biết cách thở sâu, thở đúng và biết cách thở trong hoạt động. Như vậy mới có thể làm việc và hoạt động được lâu dài và có hiệu quả.